今日,Broad研究所的著名學者張鋒教授和合作伙伴一起,公布了他們進一步改良的基于CRISPR技術的新冠病毒簡易檢測流程。這一流程被稱為STOPCovid.V2,此前,張鋒團隊和其合作伙伴已經(jīng)公布了稱為STOPCovid的簡易新冠病毒檢測流程,這一流程不需要從患者樣本中純化RNA,并且將檢測新冠病毒所需的化學反應步驟在一個試管中完成。
2.0版的STOPCovid在原有檢測的基礎上更進一步,在樣本制備的過程中通過加入磁珠富集樣本中的RNA,從而通過提高PCR反應的起始RNA數(shù)量,進一步提高了STOPCovid.V2的檢測靈敏度。
在最初的STOPCovid檢測流程中,張鋒團隊將擴增RNA數(shù)目的等溫PCR步驟和使用Cas酶檢測新冠病毒特定序列的化學反應合并在同一個試管中進行。這一檢測步驟不需要復雜儀器,只需要在60攝氏度的恒溫反應,就可以通過側(cè)流試紙讀出檢測結(jié)果。然而,在進一步檢測中,研究人員發(fā)現(xiàn),這一簡易版流程只能發(fā)現(xiàn)60.5%傳統(tǒng)RT-PCR檢測出的陽性患者。
為了提高檢測的靈敏度,STOPCovid.v2的流程中加入了通過磁珠富集鼻咽拭子中新冠病毒RNA的步驟,使用普通實驗室中用于富集RNA的磁珠,研究人員可以收集鼻咽拭子中包含的所有病毒RNA作為反應的起始材料,而且研究人員同時精簡了磁珠富集RNA的操作步驟,去除了乙醇清洗和洗脫過程,讓整個RNA富集過程不超過15分鐘。
▲STOPCovid.V2的操作流程(圖片來源:參考資料[1])
在華盛頓大學進行的一項設盲檢測中,研究人員檢測了STOPCovid.V2檢驗202個新冠病毒陽性和200個新冠病毒陰性鼻咽拭子樣本的結(jié)果。研究人員發(fā)現(xiàn),STOPCovid.V2能夠達到93.1%的靈敏度和98.5%的特異性。陽性樣本只需15-45分鐘就能獲得結(jié)果。
▲STOPCovid.V2的檢測結(jié)果,B:新冠病毒陽性樣本;C:新冠病毒陰性樣本,紅色虛線為判斷樣本為陽性還是陰性的閾值(圖片來源:參考資料[1])
研究人員在文章中表示,這一簡化版的STOPCovid.V2流程適于沒有復雜儀器的臨床實驗室使用。同時,研究人員還開發(fā)了一款智能手機APP,幫助檢測人員對側(cè)流試紙的結(jié)果進行解讀。
參考資料:
[1] Joung et al, (2020). Detection of SARS-CoV-2 with SHERLOCK One-Pot Testing. NEJM, DOI: 10.1056/NEJMc2026172
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