病毒基因組為單股正鏈rna，由大約30000個核苷酸組成，與經(jīng)典冠狀病毒僅有約60％同源性，但基因組的組織動工與其他冠狀病毒相似。基因組從 5'到3'端依次為：5’-多聚酶-s-e-m-n-3'。5'端有甲基化帽子結(jié)構(gòu)，其后是72個核苷酸的引導序列?；蚪Mrna約2/3為開放新聞記者框架（orf）1a/1b，編碼rna多聚酶（rep），該蛋白直接從基因組rna翻譯，形成多蛋白前體，后者進一步被病毒主要蛋白酶3clpro切割，主要負責病毒的轉(zhuǎn)錄和復制。rep的下游有4人orf，分別編碼s、e、m和n四種結(jié)構(gòu)蛋白，它們從亞基因組mrna中翻譯，亞基因組mrna以不連續(xù)轉(zhuǎn)錄的機制合成，其轉(zhuǎn)錄由轉(zhuǎn)錄調(diào)控序列（trs）啟始，后者的保守序列為aaacgaac?；蚪M3'端有polya尾。
病毒包膜為雙層脂膜，外膜蛋白包括糖蛋白s、m和小衣殼e蛋白。m糖蛋白與其他冠狀病毒糖蛋白不同，僅有短的氨基末端結(jié)構(gòu)域暴露于病毒包膜的外面。長而彎曲的螺旋狀核衣殼結(jié)構(gòu)由單一分子的基因組rna、多分子的堿性n蛋白以及m蛋白的羧基末端組成。病毒的模擬結(jié)構(gòu)如圖1所示。s蛋白負責細胞的黏附、膜融合及誘導中和抗體，相對分子質(zhì)量大約150000-180000，包括胞外域、跨膜結(jié)構(gòu)域以及短羧基末端的胞質(zhì)結(jié)構(gòu)域。在經(jīng)典冠狀病毒中，e蛋白和m蛋白可能組成最小的裝配單位，e蛋白對病毒的組裝發(fā)揮關(guān)鍵作用，m蛋白對于病毒核心的穩(wěn)定發(fā)揮重要作用。與其他冠狀病毒不同的是，在s和e之間（x1-274aa，x2-154aa）以及m和n（x3-63aa，x4－122aa，x5-84aa）之間有多于50個氨基酸的多肽潛在編碼序列，m和n之間還有少于50個氨基酸的多肽潛在編碼序列。同源性搜索結(jié)果表明，這些潛在多肽與任何其他蛋白都沒有序列的相似性。
目前，國內(nèi)外科學家已經(jīng)報道了多株sars－cov的全基因組序列，發(fā)現(xiàn)其變異程度不高，來自新加坡4株、加拿大1株、美國1株、我國香港2株、北京4株和廣東1株共13個病毒株中發(fā)現(xiàn)了129處變異。根據(jù)其進化樹，可以將目前的流行株分為2個基因組：一組包括我國北京4個毒株（bj01－bj04）、廣州1株（gz01）和香港中文大學測定的1個毒株（cuhk），其他毒株屬于另外一組。分析病毒的變異特征，有可能為追蹤病毒來源提供線索。
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